Mit zehn großen Sammlungsbereichen und über 500.000 Objekten gehört das Stadtgeschichtliche Museum heute zu den bestandsreichsten kulturgeschichtlichen Museen Deutschlands. Der Fundus umfasst Kunstwerke und Sachzeugen zur Vor- und Frühgeschichte, zur bildenden Kunst vom 14./15. Jahrhundert bis zur Gegenwart (mit Werken der spätmittelalterlichen Plastik, der Malerei, Grafik, Fotografie und mit Plakaten zu Stadtbild und Baugeschichte), zur materiellen Kultur (z. B. Glas, Gold- und Silberarbeiten, Münzen, Medaillen, Möbel, Uhren, Textilien, Spielzeug, Militaria), zur jahrhundertealten Musik- und Theatergeschichte sowie zur Geschichte des Buchwesens, zu besonders eng mit Leipzigs Geschichte verbundenen Ereignissen wie der Völkerschlacht 1813 und den sozialen Bewegungen des 19. und 20. Jahrhunderts.

Haus Böttchergäßchen ist das Zentrum des modernen Stadtgeschichtlichen Museum Leipzigs mit Direktion, Sammlungen und Service-Einrichtungen. Von hier werden die acht Dependancen des Museums gelenkt und geleitet. Hier finden jährlich zahlreiche Sonderausstellungen zu kulturhistorisch bedeutenden Themen statt. Im Mezzanin erwartet die Kinder die Erlebnisausstellung 'Kinder machen Messe' , die speziell für sie entwickelt wurde.

Für die Öffentlichkeit regelmäßig zugänglich sind außerdem die stadtgeschichtliche Bibliothek, die Fotothek wie auch die zentrale Dokumentation der kulturhistorischen Sammlungen, die hier in funktionalen und übersichtlichen Magazinen untergebracht sind. So ist Haus Böttchergäßchen Tresor für Leipzigs Schätze und das 'Gedächtnis' der Stadt, offen für alle und voller Überraschungen.